皇帝下旨：辽事会勘已明，熊廷弼力保危城，功不可泯，因言求去，情有可原，今中外多事，朝廷用人方急，仍议及时起用，以为劳臣任事者劝。
这下原来弹劾熊廷弼最厉害的冯三元、张修德、魏应嘉，以及巡查辽东的姚宗文被大家攻击得体无完肤。方从哲等票拟将冯三元、张修德、魏应嘉连降三级，姚宗文罢职，朱由校同意了。
其实除了这几个人，其他人也曾经攻击过熊廷弼，只是没有三个人这么厉害罢了，但大家似乎都已经忘记了，叫嚣着要给熊廷弼平反，要熊廷弼重新经略辽东。
此时已经是右佥都御史薛国用升为兵部右侍郎，兼都察院右佥都御史，经略辽东，宁前道右参议王化贞为都察院右佥都御史，巡抚广宁事务。
兵部尚书崔景荣言：辽沈之失，皆因内应，广宁城小，奸细难容，如士民齐心，便能固守。建奴取得海州和盖州，那么天津登莱俱当堤防。朱由校觉得很有道理，问了内阁后，升太仆寺少卿毕自严为都察院右佥都御史，驻扎天津，备兵防海。
这时，御史房可壮连接上疏请朝廷启用李三才经略辽东。朱由校又听到了这个名字，不过他倒没有断然否决，将房可壮的奏疏让廷臣集议。通政参议吴殿邦力言不可用：“其人好用机权，善笼络朝士，大奸似忠，大诈似直，结交遍天下，而性不能持廉，贪、伪、险、横四罪俱全，可视之为盗臣也。”
原来这老家伙风评并不是很好呀，看来魏忠贤听来的坊间传闻不大对呀。这时御史刘廷宣言道：“国家既惜其才，则用之耳，又何议，然广宁已有王化贞，不若用之山海。”詹事府詹事，刑部侍郎邹元标、佥都御史王德完都上奏认为应该起用李三才，却也有邵辅忠、徐兆魁等更多官员反对任用他，两者相持不下，于是皇帝命再议。
不料事情第二天急转直下，王德完出列反对任用李三才，搞得朱由校莫名其妙。而反对派则是欢欣鼓舞，东林党人自己都不同意用李三才，朱由校就命不再议李三才事。
回到宫里后，他叫来了魏忠贤。因为碧云寺的事，他确实是不喜欢李三才，但今日朝上的事他感到有些奇怪，当时他问王德完为何反对用李三才时，王德完的答案是恐招致物议。这个答案不但是朱由校，就是随便一个小太监都是不会相信的，大明朝的文官从来没有人会恐惧物议的。所以魏忠贤来后，他让魏忠贤仔细查一下是怎么回事。
魏忠贤常常吹嘘东厂办事如何如何厉害，上次让他查个官员党派问题，本来这事街上小贩都知道一些，而魏忠贤三天查清了详细的派别，还当成东厂厉害的证据在王承恩等人面前得瑟了几天，朱由校这次给他一天期限，准备戳破他的牛皮，让他出个丑，看他以后还怎么好意思得瑟。
不过这次倒是出乎他的意料，魏忠贤一天不到，就已经查到了原因。原来是杨涟（还是他）晚上到王德完府上去了一次，然后王德完就改变主意了。至于两人说了些什么，在东厂的威胁利诱下，王府仆人交待，当时杨涟将王府仆人都赶离了书房，只隐隐听到“几百万两呀”，“就是个搅屎棍”，“他会坏了大事的”，“让他安度晚年吧”这些零碎话语。
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